El siguiente artículo técnico fue preparado por investigadores del Centro de Investigaciones Biológicas Aplicadas (CIBA), AquaBC, la Universidad Austral de Chile y la Universidad San Sebastián. En el documento, los autores analizan las proyecciones del evento El Niño 2026-2027, sus posibles efectos sobre las condiciones oceanográficas y climáticas del sur de Chile, el riesgo de floraciones algales nocivas (FAN), las implicancias para la salud de los peces y una serie de recomendaciones orientadas a la preparación de la salmonicultura frente a este escenario:

David Cassis¹, José Garcés-Vargas², Marcos Godoy³, Rudy Suárez⁴ y Diego Caro⁴

¹ AquaBC, Puerto Varas, Chile.
² Instituto de Ciencias Marinas y Limnológicas, Facultad de Ciencias, Universidad Austral de Chile, Valdivia, Chile.
³ Laboratorio de Biotecnología Aplicada, Facultad de Medicina Veterinaria, Universidad San Sebastián, Sede de la Patagonia, Puerto Montt, Chile.
⁴ Centro de Investigaciones Biológicas Aplicadas (CIBA), Puerto Montt, Chile.

1. Evento El Niño (ENSO) y proyecciones para la temporada 2026-2027

1.1. Monitoreo Global y Proyecciones en el Pacífico Ecuatorial

Al 6 de julio de 2026, NOAA mantiene el sistema bajo Advertencia de El Niño. La anomalía de temperatura superficial en la región Niño 3.4 se ubica en +1,2 °C y en la franja costera Niño 1+2 alcanza +2,7 °C, con el índice acoplado RONI ya en el umbral de fase cálida (NOAA, 2026).

Los modelos dinámicos (CFSv2) proyectan una intensificación sostenida hacia el trimestre noviembre-enero, con un 63% de probabilidad de un evento «muy fuerte» (≥ +2,0 °C), lo que lo situaría entre los mayores registrados desde 1950 (NOAA, 2026).

📷 Figura 1. Regiones Niño y su evolución reciente. Series de tiempo que muestran la evolución reciente de las anomalías semanales de la temperatura superficial del mar en las distintas regiones Niño. Destaca el pronunciado calentamiento detectado en la zona costera de Sudamérica (región Niño 1+2), el cual se intensificó hasta alcanzar un valor de +2,7 °C a principios de julio de 2026. (Fuente: NOAA/Climate Prediction Center, 2026; extraído de la página 5 del reporte técnico de actualización del 6 de julio de 2026).

📷 Figura 2. Evolución histórica del índice RONI desde 1992. Registro histórico reciente del Índice Relativo Oceánico El Niño (RONI), utilizado para contextualizar la magnitud de los eventos climáticos. El gráfico muestra que, para el trimestre móvil abril-junio de 2026, el indicador ascendió oficialmente a +0,5 °C, alcanzando el umbral operativo de la fase cálida. (Fuente: NOAA/Climate Prediction Center, 2026; extraído de la página 21 del reporte técnico de actualización del 6 de julio de 2026).

De cara a los próximos meses, los modelos dinámicos de simulación ratifican la persistencia y el fortalecimiento progresivo de un evento El Niño (NOAA, 2026). El Sistema de Pronósticos del Clima de NCEP (CFSv2), actualizado al 6 de julio, proyecta un incremento sostenido de las anomalías de la temperatura superficial del mar (TSM) en el Pacífico central y oriental durante los trimestres de julio-agosto-septiembre y noviembre-diciembre-enero de 2026/2027, donde se prevé que las anomalías superen los +2,0 °C y +3,0 °C, respectivamente (Figura 3) (Comité Regional ERFEN, 2026; NOAA, 2026).

Si bien la intensidad de un evento no se traduce de manera lineal en impactos climáticos idénticos en todas las regiones, un evento de estas magnitudes inclina significativamente las probabilidades a favor de escenarios meteorológicos extremos a escala global (NOAA, 2026).

📷 Figura 3. Probabilidades oficiales de intensidad de El Niño. Gráfico probabilístico de la NOAA que estima la categoría de intensidad que adoptará el evento El Niño a lo largo de su ciclo de vida. Resalta que para el trimestre móvil de noviembre-enero existe un 63% de probabilidad de que El Niño evolucione hacia una categoría «muy fuerte» (índice ≥ +2,0 °C), lo que podría posicionarlo entre los eventos más grandes registrados en la historia moderna. (Fuente: NOAA/Climate Prediction Center, 2026; extraído de la página 24 del reporte técnico de actualización del 6 de julio de 2026).

1.2. Condiciones climáticas observadas a nivel local

A pesar de la intensificación global de El Niño, las regiones del sur de Chile experimentaron una anomalía térmica negativa durante el mes de mayo, mostrando un comportamiento más bien frío. En la costa, el agua del mar registró temperaturas levemente más bajas de lo habitual. Este enfriamiento marino estuvo acompañado por una falta importante de lluvias en las ciudades, con un déficit de agua que varió entre el 26% y el 100% en localidades como Valdivia, Osorno, Puerto Montt, Coyhaique y Balmaceda (Comité Regional ERFEN, 2026).

La sequía tuvo un origen atmosférico. Durante mayo de 2026, la presión media a nivel del mar frente al sur de Chile (41°S-45°S / 78°W-72°W) alcanzó un máximo histórico, con anomalías sobre +6,0 hPa asociadas al Anticiclón del Pacífico Sur. Este bloqueo de altas presiones desplazó los frentes de lluvia hacia latitudes polares e impidió el ingreso de tormentas a la zona centro-sur, dejando a Los Ríos y Aysén bajo un régimen seco (Comité Regional ERFEN, 2026; Bureau of Meteorology, 2026). Hacia el cierre del año se espera que el acoplamiento de El Niño con estos patrones de alta latitud facilite la normalización de las precipitaciones (NOAA, 2026).

A pesar de este inicio de invierno seco y frío, los pronósticos climáticos prevén que, a medida que los efectos de El Niño comiencen a estabilizarse en el océano, se produzca una transición gradual hacia meses más húmedos (Comité Regional ERFEN, 2026; NOAA, 2026). En cuanto a las lluvias, se proyecta que las precipitaciones estarán sobre lo normal en zonas costeras (Comité Regional ERFEN, 2026).

2. El Niño 2015-2016 y el Modo Anular del Sur (SAM): Contexto Climático a Gran Escala

Durante el verano austral de 2016, el centro-sur de Chile y la Patagonia occidental experimentaron una anomalía climática de magnitud histórica. Este escenario fue gatillado principalmente por la superposición de dos eventos climáticos en fases extremas: un evento de El Niño de intensidad excepcional y la fase positiva más alta registrada en el SAM (León-Muñoz et al., 2018; Garreaud, 2018).

Mientras que El Niño generó teleconexiones atmosféricas desde el Pacífico ecuatorial, el SAM, cuya tendencia persistente hacia la polaridad positiva se asocia al cambio climático, dominó la circulación extratropical. Esta coincidencia de fases positivas generó una cuña anticiclónica (bloqueo atmosférico de alta presión) de gran persistencia frente a las costas de Chile, desviando las tormentas y debilitando de forma drástica los vientos del oeste (westerlies), que normalmente abastecen de lluvias a la región (León-Muñoz et al., 2018; Garreaud, 2018).

📷 Figura 4. Déficit de precipitaciones registrado durante el verano de 2016 en la Patagonia occidental. La figura muestra las anomalías de precipitación observadas entre los 40°S y 47°S, evidenciando déficits superiores al 50% en gran parte del territorio. Estas condiciones fueron consecuencia del bloqueo atmosférico asociado a la combinación de un evento El Niño de intensidad excepcional y una fase positiva extrema del Modo Anular del Sur (SAM), escenario que alteró significativamente el régimen hidrológico de la zona. (Adaptado de León-Muñoz et al., 2018; Garreaud, 2018).

2.1. Bloqueo Hidrometeorológico en la Patagonia Occidental

El bloqueo de los sistemas frontales transformó radicalmente las condiciones de esta zona hiperhúmeda. Se registró la sequía más grave del registro instrumental, con déficits de precipitaciones superiores al 50% entre los 40°S y 47°S (Figura 4). Asimismo, la ausencia de tormentas y cielos despejados provocó un aumento del 30% en la radiación solar que incidió directamente sobre la superficie del mar (León-Muñoz et al., 2018; Garreaud, 2018).

La respuesta de las cuencas hidrográficas locales fue inmediata. Los ríos de la Patagonia norte experimentaron descensos históricos en sus caudales debido a la sequía pluvial. El río Puelo, que ejerce un rol regulador crítico en los niveles de agua dulce del mar interior de Chiloé, aportó en marzo de 2016 un caudal medio inferior a la mitad de su promedio histórico base (175 m³ s⁻¹ frente a los 360 m³ s⁻¹ históricos). Esta drástica disminución en las descargas fluviales alteró radicalmente la física de la columna de agua marina (León-Muñoz et al., 2018).

2.2. Respuesta Oceanográfica Local: Ruptura de la Estratificación Halina

Los sistemas de fiordos y canales chilenos funcionan normalmente bajo un régimen estuarino caracterizado por una marcada y casi permanente estratificación halina. Una capa superficial de baja salinidad, alimentada por ríos y lluvias, actúa como una barrera natural que bloquea la mezcla vertical con las aguas profundas de origen oceánico (León-Muñoz et al., 2018).

En el verano de 2016, la falta de aportes de agua dulce desestabilizó por completo este equilibrio físico. En los primeros 1 a 5 metros de la columna de agua, la estabilidad (Frecuencia de Brunt-Väisälä) disminuyó prácticamente a la mitad en comparación con periodos normales. Por otra parte, la drástica reducción del caudal estuarino causó la desaparición del gradiente halino superficial, elevando la salinidad superficial sobre 30 psu. Al colapsar la barrera de agua dulce, se facilitó la intrusión y advección vertical frecuente de masas de agua densas, salinas y ricas en nutrientes desde capas profundas hacia la superficie. Finalmente, la fuerte insolación recibida calentó la capa superficial desprotegida, alcanzando temperaturas inusuales de entre 15 °C y 16 °C (León-Muñoz et al., 2018).

3. Floraciones Algales Nocivas (FAN)

Los ciclos asociados al evento El Niño generan cambios significativos en las comunidades fitoplanctónicas de la costa de Chile, modificando su composición, productividad y dinámica estacional. Estas condiciones se asocian con una disminución de la productividad primaria, alteraciones en la estructura de tamaños del fitoplancton y un aumento en la frecuencia, intensidad y diversidad de las floraciones algales nocivas (FAN) (Muñoz, 1987; Cassis et al., 2002; Iriarte y González, 2004).

El aumento de la temperatura superficial, la mayor estratificación de la columna de agua y la disminución de las surgencias costeras reducen la disponibilidad de nutrientes en la capa superficial. Estas condiciones favorecen el predominio de organismos flagelados, principalmente dinoflagelados y rafidofíceas, por sobre las diatomeas. Debido a que estos grupos incluyen numerosas especies productoras de toxinas e irritantes, las floraciones que ocurren durante este período presentan un mayor riesgo de cierres extractivos por toxinas en moluscos y de eventos de mortalidad masiva en la salmonicultura.

La magnitud de los cambios en las comunidades fitoplanctónicas durante los eventos El Niño depende de su intensidad. Los episodios cálidos más intensos, como los registrados en 1998 y 2016, favorecieron cambios poblacionales significativos, incluyendo floraciones algales uniespecíficas de gran escala, una mayor frecuencia, duración y extensión de estos eventos, así como la aparición y expansión de especies poco comunes hacia nuevas áreas (Cassis et al., 2002; Iriarte y González, 2004; Montes et al., 2018).

Un ejemplo relevante para la salmonicultura y la mitilicultura es el dinoflagelado Alexandrium catenella, especie productora de veneno paralizante de los mariscos (VPM) y compuestos irritantes, como especies reactivas de oxígeno (ROS).

Durante el evento El Niño de 1998, esta especie experimentó una importante expansión de su distribución geográfica, históricamente restringida a Magallanes y el sur de Aysén, registrándose floraciones en la Región de Aysén y, por primera vez, en Quellón. Estas floraciones se extendieron entre octubre de 1998 y febrero de 1999, afectando principalmente la actividad pesquera artesanal (Guzmán et al., 2002).

Posteriormente, durante el evento extremo de 2016, A. catenella alcanzó una distribución sin precedentes, extendiéndose desde la Región de Aysén hasta las cercanías de Concepción. La elevada acumulación de VPM en mariscos provocó la interrupción de las actividades de pesca artesanal y mitilicultura, mientras que en la salmonicultura se reportaron mortalidades asociadas directamente a esta floración (Buschmann et al., 2016; Villanueva et al., 2017).

Asimismo, este evento se ha relacionado con la mortalidad masiva de ballenas registrada en el Golfo de Penas, atribuida a la exposición a VPM durante su desplazamiento hacia áreas donde las floraciones de A. catenella fueron más intensas (Häussermann et al., 2017). Estos antecedentes evidencian que los eventos cálidos extremos pueden favorecer la expansión geográfica e incrementar el impacto ecológico, sanitario y productivo de esta especie en el sur de Chile.

Otro ejemplo de eventos FAN que ha generado impactos para la salmonicultura cuando se ha establecido bajo condiciones anómalas es el caso de Pseudochattonella spp., especie flagelada altamente productora de ROS, que había sido detectada en floraciones limitadas desde el año 2004, con extensión y daños acotados. Sin embargo, durante 2016 presentó una floración de abundancia extrema (hasta 27.000 células por ml), que produjo mortalidades masivas en la Región de Los Lagos. Actualmente, esta especie constituye una de las principales preocupaciones de la industria por su alta nocividad y sus hábitos estuarinos (Villanueva et al., 2017).

Para el evento cálido de este año se estima que existe una alta probabilidad de floraciones algales de Alexandrium catenella y Pseudochattonella spp., debido a sus preferencias por ambientes estuarinos con estratificación térmica fuerte. Por el contrario, no se esperan eventos de gran escala de Heterosigma akashiwo, debido a las alteraciones en el régimen hídrico usualmente observado durante El Niño (menor pluviosidad) y su preferencia por ambientes estratificados por salinidad.

4. Salud y bienestar animal

El agua es el principal indicador indirecto del bienestar animal para las especies hidrobiológicas. Por ello, cualquier evento, de origen natural o antrópico, que altere su calidad impactará los parámetros de salud y bienestar de los peces, y desde ahí en el rendimiento productivo, donde las mermas pueden ir desde una menor eficiencia productiva hasta la mortalidad directa.

En este escenario, los eventos climáticos de gran escala como El Niño se han consolidado como variables de riesgo que deben incorporarse de forma explícita al evaluar impactos productivos. Frente a ellos, el monitoreo continuo y la adaptación oportuna de los protocolos de manejo son claves para mantener a los peces dentro de sus rangos de tolerancia y permitirles expresar su potencial productivo.

En los salmónidos, la branquia es mucho más que un órgano respiratorio, constituye la principal interfaz entre el pez y su medio, ya que concentra el intercambio gaseoso, la osmorregulación, la regulación ácido-base y la excreción de desechos nitrogenados (Evans et al., 2005).

Al estar en contacto directo y permanente con el agua, la branquia «censa» de manera continua las condiciones del entorno y responde a múltiples estresores de naturaleza física (temperatura, sólidos suspendidos), química (concentración de gases y nutrientes) o biológica (fito y zooplancton). Frente a estas condiciones, el tejido branquial reacciona; sin embargo, la capacidad de respuesta es limitada. El tipo y la severidad de esta respuesta están directamente ligados al tipo y magnitud del cambio en la calidad del agua que se genere.

Así, se distinguen dos tipos de respuesta: las agudas, que se desarrollan en minutos hasta horas, y las crónicas, que se desarrollan en días a meses. Con frecuencia ambos tipos de respuestas o cambios coexisten. Estas pueden observarse tanto a nivel macroscópico (inspección clínica a simple vista) como microscópico (histopatología), y ambos niveles deben ponderarse a la hora de determinar un diagnóstico de causas ambientales (Adams et al., 2004; Mitchell et al., 2012; Østevik et al., 2022).

Los cambios agudos se evidencian clínicamente por el aumento de la mucosidad branquial y la presencia de focos hemorrágicos en los filamentos. Este hallazgo puede confirmarse in situ mediante un frotis fresco de branquia, técnica rápida y confiable para detectar con mayor precisión la presencia de trastornos subclínicos.

Los trastornos crónicos, en cambio, se caracterizan por el engrosamiento de los filamentos, cambios de coloración o parches blanquecinos, asociados a hiperplasia y fusión lamelar y, en los casos más severos, erosión y pérdida de la continuidad del tejido branquial (Adams et al., 2004).

La histopatología aporta una mayor sensibilidad diagnóstica, permitiendo detectar lesiones que pasan inadvertidas en la inspección macroscópica e, incluso, anticipar el desarrollo de cuadros crónicos o severos cuando se aplica como vigilancia sistemática (Mitchell et al., 2012). De hecho, la evidencia muestra que pueden existir lesiones histológicas significativas en peces sin signos macroscópicos evidentes, por lo que apoyarse únicamente en la inspección visual tiende a subestimar el problema (Adams et al., 2004; Østevik et al., 2022). En Chile se han adaptado sistemas de puntuación (scoring) branquial macroscópico para el seguimiento de la enfermedad branquial en centros de engorda, lo que ayuda a estandarizar estas observaciones en terreno y determinar el estatus epidemiológico de la enfermedad.

Por último, conviene recordar que muchos cuadros branquiales en el mar no obedecen a una sola causa. La enfermedad branquial es un síndrome multifactorial en el que factores físicos, químicos o biológicos predisponen al tejido y abren la puerta a agentes infecciosos. Suele presentarse con mayor severidad en la segunda mitad del ciclo productivo y se asocia a temperaturas más altas (Herrero et al., 2018; Boerlage et al., 2020). En el contexto de El Niño, la coincidencia de aguas más cálidas, mayor estratificación y probabilidad de FAN configura un escenario especialmente propicio para este tipo de cuadros.

Por último, conviene recordar que muchos cuadros branquiales en el mar no obedecen a una sola causa. La enfermedad branquial es un síndrome multifactorial en el que factores físicos, químicos o biológicos predisponen al tejido y abren la puerta a agentes infecciosos. Suele presentarse con mayor severidad en la segunda mitad del ciclo productivo y se asocia a temperaturas más altas (Herrero et al., 2018; Boerlage et al., 2020). En el contexto de El Niño, la coincidencia de aguas más cálidas, mayor estratificación y probabilidad de FAN configura un escenario especialmente propicio para este tipo de cuadros.

📷 Figura 5. Branquia, trastornos agudos. A) Patología macroscópica. Se observa palidez branquial y múltiples focos hemorrágicos, respuesta de tipo aguda asociada a evento ambiental por exposición a fitoplancton. B) Histopatología, tinción H&E (52X). Tejido branquial sin alteraciones morfológicas. C) Histopatología, tinción H&E (100X). Cambios adaptativos (hiperplasia de células epiteliales y fusión de lamelas secundarias) y circulatorios (congestión y edema lamelar). D) Histopatología, tinción H&E (100X). Trastornos circulatorios asociados a focos de hemorragia o telangiectasia lamelar.

4.1. Impactos sanitarios

📷 Figura 6. Branquia, trastornos subagudos a crónicos. A) Patología macroscópica. Se observa pérdida de la continuidad o erosión de filamentos branquiales asociada a engrosamiento y cambio de coloración de filamentos branquiales. B) Histopatología, tinción H&E (20X). Se observa engrosamiento de filamentos branquiales asociado a hiperplasia con fusión interlamelar. C) y D) Histopatología, tinción H&E (20X). El tejido branquial presenta cambios adaptativos como hiperplasia de células epiteliales y fusión de lamelas secundarias, y cambios circulatorios (congestión, edema y telangiectasia lamelar).

• Hipoxia y estrés metabólico: El agua más cálida retiene menos oxígeno disuelto, justo cuando el pez eleva su demanda metabólica. El óptimo de crecimiento del salmón del Atlántico se sitúa en torno a 10,5-14 °C; por sobre ese rango la tasa metabólica se incrementa, mientras el apetito y el crecimiento decaen, y los peces tienden a evitar activamente aguas superiores a 16 °C (Handeland et al., 2008; Stehfest et al., 2017). Esta combinación, mayor demanda y menor disponibilidad de oxígeno, limita el margen aeróbico y predispone a cuadros de estrés por hipoxia, sobre todo en las horas de mayor temperatura o tras la alimentación.

Estos factores impactan directamente en la condición sanitaria y favorecen los dos principales desafíos que enfrenta hoy la salmonicultura chilena: la Piscirickettsiosis (SRS) y la Caligidosis.

-Piscirickettsiosis: La temperatura del agua es uno de los principales determinantes de la prevalencia de SRS, y los eventos cálidos suelen coincidir con brotes de Piscirickettsiosis, lo que reduce la eficacia de los tratamientos antimicrobianos (Rozas-Serri, 2022).

-Caligidosis: La infestación por Caligus corresponde a uno de los mayores factores de riesgo de infecciones bacterianas secundarias durante el ciclo de cultivo en agua de mar, dado que las lesiones cutáneas y la inmunosupresión inducidas por el parásito incrementan la susceptibilidad del hospedador a patógenos como Piscirickettsia salmonis (Lhorente et al., 2014), cuya coinfección eleva significativamente la mortalidad.

El ciclo de vida de Caligus rogercresseyi es termodependiente (González & Carvajal, 2003). Las anomalías térmicas positivas acortan el tiempo de desarrollo de los estadios larvales (de nauplio a copepódito infectante) y elevan su tasa metabólica, lo que puede traducirse en infestaciones más rápidas y de mayor intensidad (Montory et al., 2020).

5. Recomendaciones

Ante el pronóstico de un evento El Niño muy fuerte para el periodo 2026-2027, se sugiere reforzar los siguientes ejes estratégicos:

5.1. Monitoreo ambiental

-Mantener el muestreo de fitoplancton en la columna de agua (0, 5, 10 y 15 m), a lo menos dos veces al día, con metodologías estándar validadas (Yarimizu et al., 2020). Análisis que permitan la identificación correcta de los microorganismos en toda escala de tamaños (desde 2 µm para monitoreo de Thalassiosira pseudonana hasta colonias de 1-2 mm de Phaeocystis spp.).

-Aumentar la frecuencia del monitoreo en función del riesgo.

-Reforzar la capacitación de los analistas de plancton, particularmente en especies nocivas de difícil identificación.

-Equipar y capacitar al personal del centro con sistemas de colecta de muestras.

-Reforzar o implementar sistemas de monitoreo ambiental (oxígeno, salinidad, temperatura y clorofila) para cada unidad de cultivo e integrarlos a los sistemas de alerta temprana.

-Asegurar la operatividad de los sistemas de monitoreo ambiental.

-Revisar y actualizar los planes de contingencia frente a eventos FAN, como la cosecha temprana o el traslado de peces a zonas no afectadas.

-Preparar medidas de vigilancia y contingencia dependientes de la especie causante. Por ejemplo, utilizar sistemas de oxigenación para hacer frente a floraciones de alta biomasa formadas por Lepidodinium chlorophorum. Estos sistemas no deben utilizarse frente a floraciones de organismos productores de especies reactivas de oxígeno, como Pseudochattonella, para evitar la ruptura de las células algales y la liberación de sus toxinas al agua.5.2.

5.2 Monitoreo sanitario

-Integrar la vigilancia de bienestar animal (branquias, piel y factor de condición) y de la condición fisiológica general con técnicas de laboratorio de alta resolución (histopatología, hematología, bioquímica sanguínea y/o qPCR). Estas herramientas complementarias son esenciales para un abordaje sanitario preventivo frente a estresores ambientales (Boerlage et al., 2020).

-Reforzar y capacitar al personal de los centros de cultivo en necropsia, toma de muestras, clasificación de mortalidad e indicadores operativos de bienestar animal útiles para la vigilancia en los centros de cultivo.

5.3. Evaluación productiva

-Propender a mantener una buena calidad del smolt enviado a agua de mar mediante una adecuada condición sanitaria, inmunización, condiciones de manejo, homogeneidad de lotes, condición física general y smoltificación.

-Asegurar la operatividad de los sistemas de mitigación ambiental, como difusores de oxígeno y/o cortinas de burbujas.

-Establecer estrategias de ayuno mediante protocolos de alimentación restrictiva ante alertas por microalgas tóxicas o nocivas y frente a caídas de oxígeno.

-Evaluar una reducción preventiva de la densidad de cultivo y/o el adelanto de cosecha en centros históricamente sensibles a FAN o a eventos ambientales.

-Revisar los planes de contingencia frente a eventos que requieran cosecha temprana de biomasas comerciales en barrios de alto riesgo, asegurando la capacidad logística de los wellboats.

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