Centro INCAR y Mowi Chile aplican tecnología Nanopore en sistemas RAS

Un reciente estudio científico desarrollado por Investigadores del Centro Interdisciplinario para la Investigación Acuícola (INCAR), del Centro de Biotecnología de la Universidad de Concepción, de la Universidad San Sebastián y de MOWI Chile ha revelado cómo la tecnología de secuenciación genética puede convertirse en una poderosa aliada para mejorar la salud de los peces en la acuicultura. 

El equipo de investigadores integrado por el Dr. Diego Valenzuela-Miranda, Dra. María Fernanda Morales-Rivera, Jorge Mancilla-Schutz, Alberto Sandoval, Dra. Valentina Valenzuela-Muñoz y Dr. Cristian Gallardo-Escárate utilizaron Oxford Nanopore, una herramienta de última generación, para analizar la comunidad microbiana en un sistema de acuicultura con recirculación (RAS), utilizado para el cultivo de salmón del Atlántico en agua dulce.

El Nanopore

RAS es un tipo de sistema que permite reutilizar el agua, lo que lo hace más sustentable, pero también requiere un control riguroso de las condiciones sanitarias. Tradicionalmente, se han usado métodos como la PCR para detectar bacterias específicas, aunque estos pueden pasar por alto la diversidad real de microorganismos presentes.

“Una de las ventajas de Nanopore es que permite leer el gen 16S completo, identificando bacterias hasta nivel de especie, algo que no se logra con otras tecnologías de secuenciación. Además, es rápida y portátil: en menos de un día podemos tener un panorama completo de la comunidad microbiana, incluyendo patógenos que los métodos tradicionales podrían pasar por alto”, explicó el Investigador Adjunto de la línea “Genómica Acuícola” de INCAR, Dr. Diego Valenzuela-Miranda.

Hallazgos

Los principales resultados de los investigadores revelaron la existencia de bacterias relacionadas con procesos de desnitrificación y metabolismo del sulfuro de hidrógeno en el agua y se determinó que los peces enfermos mostraron menor diversidad microbiana y predominancia de bacterias del grupo Proteobacteria. Además, se detectaron patógenos como Aeromonas, Vibrio y Aliivibrio, incluyendo Aliivibrio wodanis en peces con síntomas clínicos. En contraste, los salmones saludables presentaron rutas metabólicas asociadas a una mejor digestión y fermentación de nutrientes.

“Detectamos Aliivibrio wodanis en peces enfermos y también en el agua del sistema, lo que sugiere una posible transmisión ambiental. Esto demuestra que los biofiltros y tanques pueden actuar como reservorios de patógenos, por lo que es clave monitorear no solo los peces, sino también el entorno microbiológico del RAS”, detalló el Dr. Valenzuela-Miranda.

Estos hallazgos sugieren que el uso de tecnologías como Nanopore puede ayudar a monitorear de forma más precisa la salud microbiana en sistemas de cultivo, permitiendo detectar problemas antes de que afecten la producción. “Si incorporamos esta tecnología al monitoreo rutinario, podríamos anticipar brotes y actuar preventivamente, reduciendo el uso de antibióticos y mejorando la salud de los peces y del sistema”, añadió el investigador.

Revisa el paper Nanopore-Based Metagenomic Approaches for Detection of Bacterial Pathogens in Recirculating Aquaculture Systems aquí

https://www.mdpi.com/2410-3888/10/10/496